Beim Umgang mit der Agro-Gentechnik liegen die Positionen von SPD und CDU weit auseinander. Wie die Nachrichtenagentur dpa berichtete, fordert die SPD ein Verbot sämtlicher Freisetzungen – auch in der Forschung. Das würde den Status Quo zementieren. 2013 wurden erstmals seit über 20 Jahren in Deutschland keine gentechnisch veränderten Pflanzen im Freiland angebaut. Die amtierende Umwelt-Staatssekretärin Katherina Reiche (CDU) wandte sich gegen den Vorstoß und nationale Alleingänge in der EU. Es solle nicht jedes Land entscheiden können, was es macht. Das richtet sich auch gegen die von der EU geplante Reform der GVO-Zulassungsregeln, die nationale Entscheidungen gegen den Anbau zugelassener Gentech-Pflanzen ermöglichen würde.
SPD-Unterhändlerin Vogt sagte, dieser Punkt werde möglicherweise nicht in der Arbeitsgruppe entschieden, sondern von den Spitzen der geplanten Koalition. SPD und CSU seien sich bei der Ablehnung der Gentechnik hier näher als CDU und CSU. Die CSU will schon seit längerem Bayern gentechnikfrei halten.