Bis zum Schluss stand der Satz als umstritten gekennzeichnet im Entwurf des Koalitionsvertrags: „Wir lehnen … den Anbau, die Freisetzung und die Zulassung gentechnisch veränderter Sorten in Deutschland und Europa im Rahmen der rechtlichen Möglichkeiten ab“. Dann setzte sich Angela Merkel gegen Horst Seehofer und Sigmar Gabriel durch. Der Satz verschwand. Übrig blieb in der endgültigen Fassung des Koalitionsvertrags: „Wir erkennen die Vorbehalte des Großteils der Bevölkerung gegenüber der grünen Gentechnik an. Wir treten für eine EU-Kennzeichnungspflicht für Produkte von Tieren, die mit genveränderten Pflanzen gefüttert wurden, ein. An der Nulltoleranz gegenüber nicht zugelassenen gentechnisch veränderten Bestandteilen in Lebensmitteln halten wir fest – ebenso wie an der Saatgutreinheit.“ Letzteres zumindest ist ein Fortschritt gegenüber den bisherigen Vorstößen aus der CDU, die Nulltoleranz zu kippen. Weitere Aussagen, etwa zum notwendigen Schutz der Imker vor den Pollen genmanipulierter Pflanzen, fehlen.

Klar hingegen sind die Aussagen im Vertrag zu geklonten Tieren und Patenten auf Leben: „Wir treten auf europäischer Ebene für ein Verbot des Klonens von Tieren und des Imports von geklonten Tieren und deren Fleisch ein. Wir streben eine Kennzeichnungspflicht für Nachkommen von geklonten Tieren und deren Fleisch an. Das bestehende Patentierungsverbot auf konventionelle Züchtungsverfahren, daraus gewonnene Tiere und Pflanzen sowie auf deren Produkte und auf das zu ihrer Erzeugung bestimmte Material soll durchgesetzt und die einschlägigen europäischen Vorschriften präzisiert werden.“
Zum umstrittenen Verhandlungen über ein Handelsabkommen mit den USA heißt es: „Beim Abschluss bi- und multilateraler Handelsabkommen ist die verbindliche Einhaltung der hohen europäischen Standards in den Bereichen Verbraucher-, Tier- und Umweltschutz von zentraler Bedeutung.“

„Die Koalitionspartner haben deutlich gemacht, dass ihnen der Friede in den Dörfern und der Wunsch der Verbraucher keine Auseinandersetzung wert war“, kommentierte Felix Prinz zu Löwenstein, Vorsitzender des Bund Ökologische Lebensmittelwirtschaft (BÖLW) den Koalitionsvertrag. „Das wird die deutschen Bauern und die Lebensmittelwirtschaft schon bald teuer zu stehen kommen“, erklärte Löwenstein in Bezug auf anstehende Zulassungs-Entscheidungen zum Gentechnik-Anbau in Brüssel und die unlösbaren Koexistenz-Probleme vom Feld bis zur Lebensmittelverarbeitung. Heftig kritisiert wurde vom BÖLW und anderen Bio-Verbänden, dass der ökologische Landbau im Koalitionsvertrag keine Rolle spielt.